Какой самый популярный стиль организации кода вы встречали в корпоративных кодовых базах? Лично я чаще всего видел решение, подразумевающее группировку всех файлов по их типу. Таким образом, к примеру, в системе MVC все контроллеры, все сервисы, все репозитории, все POJO и так далее находятся...